かつて、イグドラシルとロイヤルナイツの多くが姿を消した大戦争の後、ホメロスによって、オリンポス十二神からマルスモン、ケレスモン、ディアナモン、ウェヌスモンがイグドラシルのデジタルワールドへと送り込まれた。

当初は、他の世界が崩壊を防ぐことができるかどうかを調査するために派遣されたが、彼らはロイヤルナイツと接触し、必要に応じて対峙する任務を負っていた。

四大竜の1体、ゴッドドラモンが介入し、オリンポス十二神がロイヤルナイツについて事前に知らないことを利用し、メギドラモンと共に策略を仕掛けた。
メギドラモンはカオスデュークモンの姿に変身し、ロイヤルナイトのデュークモンを装った。騙されていることに気付いたオリンポス十二神は、他の四大竜が現れると、議論が始まった。
彼らは、イグドラシルと彼の騎士が不在であることに気づき、神なきデジタルワールドが崩壊するのではないかと心配していた。


ゴッドドラモンとマルスモンの戦い（ゴッドドラモンは聖なる力を解放し、ゴッドドラモン（X抗体）に進化した）の後、ディアナモンたちはイリアスに戻り、ホメロスに状況を報告することを決めた。
しかし、ホメロスが他のオリンポス十二神を送り込む可能性を否定することはできなかった。
ゴッドドラモンXは、次にホメロスが世界を支配しようとすれば、敵対することを伝えた。


それからしばらくして、チンロンモンは、アンティラモンからポータルの存在を知らされた。
四聖獣は、それがイリアスからの侵略なのかどうか議論したが、それが本当にポータルなのか、あるいはタイムリフトなのかさえも分からなかった。
スーチェーモンが自分の領土を炎で包み込んだためである。


さらに時間が経ち、ミヒラモンがチンロンモンに新たなポータルの出現を知らせた。
メギドラモンは侵略者と戦うことを望んだが、ゴッドラモン（X抗体）が先に注目を浴びていたため、他のメンバーから4体のデジモンと戦うのはあまりにも無謀だと叱責された。
チンロンモンは、他の四聖獣も戦いに加わることを明かした。
その時、マクラモンが現れ、メギドラモンは彼に言葉をはっきりと話すようにと苦情を言った。デヴァであるマクラモンは、白虎モンがすでに侵略者と直接対決していることを明かした。


その場所に到着したグループは、バイフーモンがユピテルモンとユノモンと対峙しているのを見た。
ユノモンは、この世界はやがてホメロスに支配されるだろうと述べた。
バイフーモンに戦闘を任せたチンロンモンは、アンティラモンとマジラモンから、スーツェーモンとシェンウーモンがディアナモンとケレスモンを見つけたことを知らされた。
さらに、彼らの他に2体のデジモンもいるという。また、強力な水属性のデジモンが海に現れ、エンシェントマーメイモンが軍を集めて彼に対抗しようとしていることも明らかになった。


チンロンモンがシンドゥーラモンに続いて、毒を撒き散らすデジモンを調査している間、ゴッドドラモンXはマルスモンを探しに行った。
ホーリードラモンはバイフーモンの援護に向かい、メギドラモンは残りの侵略者を探すことになった。
そして、ウェヌスモンに気を付けるよう警告した。


アルマジモンとファスコモンの指示に従い、メギドラモンはウェヌスモンとウルカヌスモンを見つけた。
メギドラモンは戦う準備ができていたが、ウェヌスモンの優しい性格により、戦いではなく議論となった。
ウェヌスモンは、ユピテルモンがメギドラモンの同盟者2体を倒し、海はすでにネプチューンモンのものになっていることを明かした。
ウルカヌスモンは、ウェヌスモンを心配し、メギドラモンが2人にうんざりして真実を確かめに行った後、攻撃を受け止めた、ウェヌスモンの傷を癒した。


カルマーラモンとネプチューンモンの会話を盗み聞きしたメギドラモンは、オリンポス十二神全員がここにいることを知り、イリアスは無防備な状態だと悟った。
そこで、メギドラモンは単独でホメロスを破壊するためにイリアスに侵攻することを決めた。出発する前に、メギドラモンはホーリードラモンに、自分に戻ってこなかったらポータルを破壊するよう頼んだ。


メギドラモンがポータルを通過すると、ユピテルモンは神からの侵略についてのメッセージを受けた。
アポロモンとディアナモンが状況を処理するために派遣された。2人はイリヤードに戻ったが、ディアナモンはまだスーツェーモンの炎で負傷しており、アポロモンの炎も怒れる竜には効果がなかった。

その時、彼らはホメロスの声を聞いた。彼は2人を「マイ・ナイツ」と呼び、さらに強力な力に進化することを許した。
その結果、グレイスノヴァモンが現れ、メギドラモンは全力を解放し、メギドラモン（X抗体）に進化して狂乱状態となった。他のオリンポス十二神が戻り、グレイスノヴァモンに攻撃の機会を与えた。


一方、イグドラシルのデジタルワールドでは、四大竜の残りのメンバーがポータルを破壊する準備をしていた。
ホーリードラモンは、メギドラモンを信じるべきだと主張したが、ゴッドラモンXは、新しいメンバーを選ぶ必要があると話し始めた。
その時、メギドラモンの声が聞こえ、なぜ新しいメンバーが必要なのかと尋ねた。すると、ドラゴンは元の形に戻った。

ホーリードラモンは戦いの結果を尋ねたが、メギドラモンは力を解放した後のことは何も覚えていなかった。しかし、自分がここにいるということは、勝ったに違いないと信じていた。
その時、チンロンモンとゴッドドラモンXは、メギドラモンの体に別の世界からの封印があることに気づいた。チンロンモンは、それが彼らが探していた答えかもしれないと述べた。

メギドラモンの質問を無視し、チンロンモンは今すぐ行く必要があると言った。デジタルワールドは、戦争の後の再建のために彼らを必要としていた。