『メイカーズ』
デジモンたちの楽園を作ることを目的とした組織。リーダーはイーバモン。
彼らの提唱する楽園とは理性を持ったウイルス種を含め様々なデジモンと人が安心して生きてゆける場所を作ることを目的としている。
その為、肉畑やサカナの養殖など食物を皆で生産し、病気やケガなどについてはイーバモンらを中心に知識を持つ善意で集まった者が治療に当たる。
ただしその中では行方を暗ますデジモンもいる。イーバモン曰く「他の者を害する思想を持つ為に出て行って貰った」とのことだが……。


・水月国行
イーバモンのテイマー。こけた頬に鋭い眼光が光る不気味な男。白髪混じりの髪にヨレヨレの白衣を着ているが、年齢は30代半ば。
デジタル関係の科学者であり、デジタルワールドやデジモンの構造について研究している。
その目的はデジタルワールドで死亡した娘、水月蛍を蘇らせること。デジモンが死ぬと卵に戻るが、その原理を応用すればデジタルワールドで死んだ人間なら蘇らせることが出来ると妄信しており、罪無きデジモンたちを解体し続ける。
なお、娘はデジモンに転生しており記憶も引き継いでいる為に彼の研究とは無関係に蘇っていると言えるのだが、彼はそのことを知らず凶行を続ける……。

・イーバモン　CV:中尾隆聖
メイカーズのリーダー。慇懃な態度を取るデジモン。メイカーズは彼が提唱したもの。知恵ある者として自ら率先して病気やケガの治療に当たり、希望者にそうした知識の教育を行うなど、楽園を作るという目的を持つらしい慈悲深さを持ち合わせているように見える。
しかしその正体はデジモンイレイザーの幹部であり、水月国行を誘導してデジモンたちを抹消する術を探し求めていた。本性は邪悪極まりなく、口調も荒々しい。
デジモンたちを分解し無力化するX抗体や、バッカスモンの持つデータの変換能力、暗黒紋章の持つ力を増幅させる能力などに目を付けており、それらの技術を応用して増幅された『プラネットデストロイヤー』はデジモンを文字通り殺害することが出来る。
また、水月国行の研究から自己再生が可能であり、ガイオウモン:巌刀ノ型に自身の蘇生の核となる分解修復プログラムを斬り捨てられるまで幾度となく蘇っては悪事を働き続けた。